Net zoals op deze generatie spelcomputers is Harry Potter en de Gevangene van Azkaban op de PC een actie/avonturenspel gebaseerd op de film die gelijktijdig met de spellen uit werd gebracht. Ondanks dit is de PC-versie anders dan de GameCube, PlayStation 2 en Xbox-versies, omdat de Gevangene van Azkaban voor de PC gemaakt is door een andere ontwikkelaar. Geen simpele overzetting dus, maar een compleet apart avontuur. Het spel is gemaakt voor de mensen die het boek of de film hebben gezien en het weet dan ook precies die sfeer neer te zetten van dit derde deel. Het spel laat zich eigenlijk als een point-and-click spel spelen.
Je bestuurt Harry, Ron of Hermelien (afhankelijk van de situatie) door een serie van levels die elk simpele gevecht- en puzzelelementen bevatten. De besturing van het spel zou niet simpeler kunnen zijn; zo maak je gebruik van de WASD configuratie, terwijl je met je rechter muisknop springt en met je linker toverspreuken uitvoert. Het uitvoeren van toverspreuken is dit keer afhankelijk van het voorwerp waarop je je toverstaf hebt gericht. Richt je je staf op een dichte deur, dan zul je automatisch de Alohomora spreuk kunnen uitvoeren terwijl je als je tegen een vijand moet vechten, automatisch Paralitis spreuken kunt uitroepen. En zo ren je dan ook door de levels heen, schietend op vijanden, blokken wegduwend en magisch slingerend van het ene platform naar het andere. Het is zo makkelijk en het lijkt erop dat je verschrikkelijk goed bent, maar de bewegingen die je maakt zijn erg simpel. Het zorgt er ook voor dat je niet echt hoeft na te denken met wat je moet doen, je richt je toverstaf gewoon op de aanwezige voorwerpen en ziet vanzelf wat je moet doen.
In de actie-levels, waarvan er een paar zijn, krijg je meestal de besturing over één van de drie personages en moet je door een lineair kerkerachtig level vol met puzzeltjes en wat monsters zien te overleven. Harry krijgt de beschikking over de Glacius spreuk waarmee hij water kan bevriezen en er over kan glijden als een soort racespel; Ron mag de Retractum spreuk gebruiken om grote blokken naar zich toe te trekken en over lange afgronden te slingeren; Hermelien heeft de beschikking over spreuken om tijdelijk een konijn of een draak te besturen, dit om puzzels op te lossen. Soms komt het ook voor dat je buiten deze levels in een gevecht of bij een puzzel komt waarbij je met z’n drieën tegelijkertijd een spreuk moet uitvoeren. Dit wordt dan automatisch gedaan als je op het goede moment bij elkaar bent en de spreuk doet.
De actie-levels in de Gevangene van Azkaban worden aan elkaar geregen door het rennen in de gangen van Zweinstein. Tussen de levels zijn er nog kleine extra activiteiten die je kan uitvoeren. Zo kan je proberen alle tachtig tovenaarskaarten met een beroemde tovenaar, heks of monster erop te verzamelen en kan je drie korte mini-games spelen, waar je op de Hippogrief kan vliegen, het op kan nemen tegen een zwerm aardmannetjes of de strijd aangaan met Het Monsterlijke Monsterboek. Je kunt ook wachtwoorden kopen om nieuwe locaties beschikbaar te maken, zoals de fopwinkel van Fred en George.
Op visueel gebied is de Gevangene van Azkaban zeker niet slecht, het spel maakt gebruik van een opgepoetste Unreal-engine die er voor zorgt dat zowel de omgeving van Zweinstein als Zweinstein zelf er goed uitziet. De karakters zien er wat tekenfilmachtig uit en missen wat levendige animaties, maar de achtergronden waar je het hele spel in rondloopt zien er zeer solide en gevarieerd uit. Dankzij de Unreal-engine zien de spreuken er mooi uit; een succesvolle spreuk gaat dan ook gepaard met veel kleurrijke lichteffecten. De muziek van het spel heeft dezelfde filmachtige sfeer als op het witte doek, wat er voor zorgt dat de Harry Potter wereld volledig opleeft. Ook de ingesproken stemmen van de karakters doen hun best om op de stemmen van de originele acteurs te lijken. Gelukkig zijn de spreuken meerdere malen ingesproken, zodat je niet telkens precies dezelfde uitspraak krijgt te horen. De achtergrondgeluiden die er tijdens het hele spel zijn, zorgen voor een nog grotere magische sfeer.